Der Mikrophytobenthos wird als die wichtigste auf der Sedimentoberfläche lebende ökologische Gemeinschaft angesehen, da sie einen großen Teil der marinen Primärproduktion ausmacht und außerdem als Nahrungsquelle für benthisch assoziiert lebende Tiere dient. Diese Gemeinschaft (vor allem Diatomeen) hat außerdem eine wichtige Funktion als Sedimentstabilisierer da sie extrazelluläre Polymere ausscheidet die die Sedimentkörner wie eine klebrige Masse zusammenhalten. Diese Polymere können wiederum als Nahrungsquelle für heterotrophe Organismen dienen und je nach Aktivität und Vitalität der Organismen, in sehr hohen Konzentration vorkommen. Sie haben somit einen starken Einfluss auf die Verfügbarkeit von Kohlenstoff für den mikrobiellen Kreislauf entlang der Sediment-Wasser Grenzfläche. Im Flachwasser der Ostsee und entlang marin-terrestrischer Gradienten sind Biodiversität, benthische Primärproduktion und Ausscheidung von gelöstem organischen Kohlenstoff, mit Ausnahme einzelner Punktmessungen in den inneren Küstengewässern, schwach untersucht. Vor allem quantitative Messungen, die die Vorrausetzung für eine akkurate Kalkulation von Kohlenstoff, Stickstoff und Phosphorbudgets darstellen, fehlen, insbesondere im Küstenbereich. Die Biodiversität benthischer Diatomeen entlang marin-terrestrischer Gradienten wird mit Hilfe von Schalen-Präparaten und rasterelektronenmikroskopischen Untersuchungen bearbeitet, teiweise unterstützt durch molekular-taxonomische Marker.  Primärproduktion wird mit dem Einsatz von benthischen Kammern, die mit optischen Sauerstoffsensoren ausgestattet sind, quantifiziert. Unterstützend soll die Analyse stabiler Isotope sowie molekular-chemische Methoden angewendet werden um bestehende Wissenslücken zu schließen.